Diante do atual contexto econômico as organizações de âmbito público ou privado tem sentido a dinâmica da grave escassez de recursos e uma gestão com enfoque no controle dos custos possibilita utilizar esses recursos de forma mais eficiente; em especial atenção as Universidades Públicas que vêm vivenciando momentos de arrocho orçamentário ano após ano. Diante desse ambiente desafiador, o presente estudo tem por objetivo verificar a adoção do Sistema de Custos nas Universidades Federais localizadas na cidade de Belém do Pará que possuem o maior indicador institucional apurado pelo Ministério da Educação no Estado do Pará, possibilitando o fortalecimento da governança dessas entidades por meio de uma pesquisa de campo tendo como objeto de estudo: Universidade Federal do Pará (UFPA) e Universidade Federal Rural da Amazônia (UFRA). No plano metodológico, caracteriza-se como um estudo exploratório, com abordagem qualitativa, realizado por meio de pesquisa bibliográfica, documental e levantamento de dados nos setores Administrativo-Financeiro das entidades pesquisadas. Os resultados analisados das IES em estudo, embora disponha de estruturas financeiras e contábeis, não adotam sistemas específicos para mensuração de custos, e por tanto, não conseguem prever os custos parciais para manter suas as unidades, fragilizando o processo de tomada de decisão e consequentemente prejudicando a governança institucional. Mediante isto, considera-se a ausência da implantação do Sistema de Custo dificulta a tomada de decisão e a qualidade dos gastos, logo, propõe-se que as entidades pensem como prioridade o processo de implantação e a adoção dos sistemas de custos para garantir a gestão dessas entidades e fortalecer o sistema de governança institucional.
